Дзёнин (яп. 上忍 дзё:нин, «верхний ниндзя») — чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным дзёнинам могут даже доверить миссии уровня S (наивысшей сложности), которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда дзёнину вверяют команду из трёх гэнинов для их более углублённого обучения. В «Naruto Anime Profiles» упоминается, что данное звание можно получить, сдав определённый экзамен. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, разные техники гэндзюцу и владеть тайдзюцу.

Токубэцу Дзёнин (яп. 特別上忍 токубэцу Дзёнин, «особый верхний ниндзя») (иногда сокращается до токудзё) — ими являются ниндзя с уровнем и способностями дзёнина, но которых подготавливают лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного дзёнина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Один из примеров токудзё — это Ибики (эксперт в допросах) и Эбису (опытный учитель).