Организация состоит из девяти сильнейших ниндзя, которые предали свои селения (нукэнинов, 抜け忍). Когда Акацуки впервые были показаны на страницах манги, их было десять человек. События развивались, и один из них, Орочимару, покинул Акацуки, троих (Сасори, Какудзу и Дэйдару) убили, и ещё одного, по имени Хидан, погребли заживо. На данный момент Акацуки состоит из четырёх основных активных ниндзя, не считая лидера и Мадары Учихи (что ещё не доказано), который сначала присоединился под именем Тоби, а затем инсценировал свою гибель и продолжил руководить со стороны.